鉴于萨摩藩的领国位于九州岛的最南方，为了提防葡萄牙人背弃和约再度袭扰九州沿海地区，上杉氏虎特许萨摩藩保留在种子岛的赤尾木城、屋久岛的楠川城、甑岛的里城这三座孤悬海外的城池。同时，还允许萨摩藩保留在南日向饫肥城。
如此一来，萨摩藩就保留了内城、高山城、赤尾木城、楠川城、里城、饫肥城六座城池。
在战国时期，破却的城池往往是针对在城池入口具有重大军事功能的虎口或枡形，只是破坏从外面看去最显眼的部分，并不一定要将城池全部破毁。也就是说，当时采取的做法具有先撕破引以为豪的体面，再令其投降、臣服的象征意义。在这个意义上的破城举措其实肯定了大名作为领国统治者的自立性，终究流于形式，以不彻底的状态而告终。
与之相反，此次上杉将军家的破城要求完全破却除了大名居城以外的所有城池，包括领地内的兵砦，否定了大名可自行决定如何设置军
事设施的权限，就连居城也需要得到幕府的认可，置于幕府的管理之下。
而且，随后修订并颁布的《武家诸法度》在全扶桑五畿八道范围实行破城的同时，还规定大名修缮居城一事也必须事先上报至幕府。
之后，到了天正十年，幕府还要求各大名将被破毁的古城全部载入国绘图中，并将该图与明确记录居城内部构造的城绘图一并上交至幕府，由幕府进行收藏和管理。
此时，月山富田藩藩主尼子胜久破毁了除居城月山富田城之外的所有城池兵砦，并称，令笔头家老山中幸盛也随之对居城十神山城进行破却的处理，只留高台和石垣，并让他带着家卷迁至月山富田城外的宅邸居住。
长州藩藩主毛利辉元也破毁了除本据秋城之外的山口城、高森城、山吹城、指月城、胜山城等诸多城池兵砦。
久留米藩藩主吉川元春的工作非常积极，甚至还主动田尻鉴重、黑木家永、草野镇永、蒲池鉴涟等筑后国人领主破却了蒲池城、妙见城、竹之城、猫尾城等城池兵砦。
的确，《一国一城令》是幕府对大名军事力量的规制，与此同时，各个领国也借此剥夺本家和有力家老的自立性，家臣团的家宅由此聚集在大名本家所拥有的城下町内，逐渐确立起只有大名本家才拥有的或身份。
如果说武士团原本是以战争为职业的军事战斗集团，那《一国一城令》便具有两方面的意义。第一、剥夺领地内国主和本家一族家臣的城池，更彻底地推进了自战国时期以来的破城措施；第二、是将大名的城池也置于幕府的管理之下。在大名转封之际，统率幕府军团的将军派遣上使，收取居城和城中武器，转交给该封地下一任大名。
由此，逐渐确立起一种观念：城池和领地、领国一样，都是幕府之物，大名不过是使用者而已。这与中世大名将城池等同于自己的领地或祖传之地，视为自己存在的证明的观念相比，已经有了巨大变化。而实现这一决定性的划时代转变的，就是《一国一城令》。