听了方从哲的话皇帝心里一阵烦闷，哪还有心情看奏折，本来内阁就剩下这么一个独苗了，再致仕这朝中就真的无人管了。
皇帝将打开一半的奏折重重的合上直接丢给方从哲道，“卿子既因牵连被参，着司法从公理问，方今国事殷繁，内阁之事重大，还要倚靠中涵，岂能因子之事引咎求去？朕待中涵信任有加，中涵应该体谅朕的苦衷，休要再提此事，速回内阁理政成就一段君臣相交的佳话，莫要再有托辞。”
“老臣谢圣上隆恩，结草衔环无以为报圣上恩遇之万一，定当为皇上、为大明鞠躬尽瘁死而后已。”方从哲叩头谢恩，然后拿起几份奏折退下。
待方从哲退下后，万历皇帝召了王安，他岂能看不出方世鸿的罪责定不如方从哲说的那般轻巧，只是如今内阁无人也只能酌情处理了。
“将朕的话转告太子，方世鸿案既是受人牵连，着三司酌情处理，切不可牵连其他，影响朝中安定。”万历皇帝吩咐王安道。
王安得了指示就去太子府传话，在王安到太子府之前方从哲就已经差人将三司及顺天府的折子递交过来，他自己并未出面。
此事太子早已知悉，所以接了奏折也并未批阅，想来宫中定会传来指示，他在等待。
听了王安的传话，朱常洛心里已然猜到，他本以为即使不牵连方从哲，但对方世鸿总要做出处罚，但听王安的意思，甚至连方世鸿都要放过，如此一来怕是要寒了英国公的心了。
太子朱常洛只得按皇帝的意思批了奏折，着三司酌情处理。
此时方世鸿已由顺天府移交到了刑部大牢，以及前夜涉事的一干人等。
不过午时，方从哲便打点通了刑部大牢，方府管家带着酒菜来到了刑部大牢探视。
管家见边上无人，便吩咐方世鸿道，“此事与你无关，芙蓉只是被那掳上马的混混看上带走，才闹出了人命，你只是受了牵连懂了吗？到了堂上就只有这一套说辞，切记。”
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方世鸿听了如小鸡啄米般连连点头，他哪里吃过这种苦，既然外面已经安排好，他心里才踏实下来。
管家将方世鸿安抚好，又来到关押其他人的牢房，借着送酒菜的机会连哄带吓的将说辞重复了一遍，其他人又得了好处又可以脱身自然乐得顺从，而那名掳了芙蓉的混混在听闻家眷老小都被保护起来后也只得听从，何况还有一万两银票，而且得了保证可以不死。
三日后三司审理结束，将结案的奏折交上，朱常洛看了看，方世鸿无罪，罚俸半年，其他从犯判杖刑，首犯判充军。
朱常洛提起笔批示，“驳回，方世鸿作为尚宝司司丞德行有亏，着督察院综合考量。”
批示好后朱常洛便着人将奏折发回内阁。
方从哲见了奏折批示，也知道太子这是在借机敲打他，只是皇上已经开恩，若再是在这上面计较就有些不体面了，方从哲也只得认了，折子又回到了三司手中。
督察院见奏折被驳回，再看朱批，便明白了其中的缘由，太子是不愿意就这么放过方世鸿，虽然有皇上授意不可牵扯，但方世鸿的处罚太轻，于是督察院与大理寺、刑部重新上了一份新的结案折子，方世鸿罢免尚宝司司丞一职，从犯人等杖责四十，主犯流放云南。